اين شورا از اواخر سال 1376 با هدف تعيين راهبردها، خط مشي‌ها و اولويتهاي مربوط به فعاليتهاي پژوهشي سازمان، تصويب آيين‌نامه‌ها و دستورالعملهاي اجرايي و نظارتي مربوط به عملكردهاي مطالعاتي و تحقيقاتي و نيز تصويب طرحها و پروژه‌هاي تحقيقاتي پيشنهادي از سوي معاونتها و يا ادارات كل حفاظت محيط زيست استانها تشكيل شده است

از وظايف اصلي سازمان حفاظت محيط زيست، پژوهش و تحقيقات در زمينه‌هاي ذي‌ربط است. تحقيقات انجام گرفته طي برنامه اول و در ابتداي برنامه دوم از نظر كمي و كيفي فاقد كارايي لازم براي حل مشكلات زيست‌محيطي بود. بنابراين شوراي پژوهشي سازمان به منظور اصلاح جهت‌گيري، توسعه و پيشبرد تحقيقات، گسترش همكاري با دانشگاه‌ها و مراكز تحقيقاتي و نظارت بر كيفيت پژوهشها تشكيل شد